רשתות ניקוז עלולות לעיתים קרובות להפריע למקורות המים הטבעיים.

התקנת רשתות ניקוז היא אמצעי הכרחי להבטחת זרימת מים נאותה ואספקת מים לערים, עיירות ואזורים כפריים ברחבי העולם.
עם זאת, התקנת מערכות ניקוז אלו עלולה להשפיע לרעה על מקורות מים טבעיים, כגון נהרות, אגמים ואדמות ביצות.
הפרעה זו יכולה להיות תוצאה של שינויים בהידרולוגיה הטבעית של האזור, שינויים הנגרמים על ידי זיהום או החדרת מינים לא מקומיים, או פשוט הוספת כמות גדולה של משטחים אטומים לנוף.
חיוני לטפל בבעיות הצפות ואספקת מים, אך חיוני גם שהשפעת מערכות הניקוז על מקורות המים הטבעיים תהיה מנוטרת ומנוהלת על מנת לשמר את המערכות האקולוגיות החשובות הללו.

ההשפעה הישירה ביותר של רשת ניקוז על מקור מים טבעי היא השינוי של ההידרולוגיה הטבעית.
מערכות הניקוז מעבירות מים מהנוף, מה שגורם למפלס המים נמוך יותר, לצמצם את החזקת המים בקרקע ולשינויים אחרים שיכולים להיות בעלי השפעה גדולה על הסביבה המימית.
בנוסף, השינוי בזרימת המים הטבעית עלול לגרום לתנודות במפלסי המים של נהרות, נחלים ואדמות ביצות וכן להפחית את איכות המים מבחינת העכירות, הטמפרטורה ומאזן ה-pH שלהם.
דפוסי זרימה משתנים אלה יכולים גם להפריע למחזור המים הטבעי, מה שעלול להוביל למחסור במים באזורים הנשענים על גשמים עונתיים.

מזהמים ממי נגר עירוני, כגון חומרי הזנה, חומרי הדברה ומתכות, יכולים גם לחדור לרשתות ניקוז, אשר מועברות לאחר מכן למקורות מים טבעיים.
מזהמים עלולים לשבש את האיזון הטבעי של הסביבה המימית, ולהשפיע על איכות המים והמגוון הביולוגי.
נגר תזונתי עלול לגרום לפריחת אצות שעלולה לדלדל את רמות החמצן במים ועלולה להפוך אותם לבלתי מתאימים לאורגניזמים מימיים.
בנוסף, הכנסת מינים לא מקומיים למערכת ניקוז עלולה לגרום לתחרות על משאבים ועלולה לשבש יחסי טורף-טרף טבעיים, מה שמוביל לאובדן מגוון ביולוגי.

תוספת של משטחים אטומים בנוף, כמו כבישים, חניונים ומבנים, יכולה להיות בעלת השפעה משמעותית על מערכות הניקוז.
משטחים אלה מפחיתים את החזרת מי התהום, מגבילים את כמות המים הנכנסת לרשתות הניקוז, ומביאים להגברת הנגר העילי.
הנגר המוגבר הזה יכול לתרום להצפות וסחף, לא רק של הסביבה המקומית, אלא גם של מקורות מים במורד הזרם.
בנוסף, משטחים אטומים יכולים להפחית את כמות הצמחייה ברשתות הניקוז, מה שעלול להוביל להצטברות משקעים ולהגביל את יכולת הרשת לשמור על לחות ולסנן מזהמים.

התקנה ושימוש ברשתות ניקוז נחוצים כדי להרחיק מים מאזורים עירוניים, להפחית הצפות ולהבטיח אספקת מים נאותה.
עם זאת, חיוני שרשתות אלו יהיו מפוקחות ומנוהלות על מנת להגן על מקורות המים הטבעיים בנוף.
על מנת למזער את ההשפעות של מערכות ניקוז על מקורות מים טבעיים, יש לנקוט באמצעים מתאימים.
אמצעים אלו כוללים ניטור איכות המים של מקורות המים במורד הזרם, שליטה בנזילות המזהמים לרשתות הניקוז ויישום אמצעים לניהול קרקע, כגון שימור אזורי צמחייה סביב רשתות הניקוז, כדי להגן על בריאות המערכות האקולוגיות המקומיות.
על ידי ניהול אקטיבי של רשתות הניקוז והקפדה על כך שלא תהיה לביצוען השפעה מזיקה על הסביבה, ניתן לשמור על האיזון בין הפיתוח העירוני לבין מקורות המים הטבעיים.